
依托华大基因先进的测序和检测技术、高效的信息分析能力、丰富的生物资源、多学科结合的生物科研体系,为科研工作者提供了创新性生物研究服务,为民众提供了生物科技在医疗、农业、环境等领域的应用服务。为进一步提升HPC平台的计算能力,华大基因引入戴尔PowerEdge FX融合架构解决方案对生物科学计算HPC平台进行升级扩容,将平台计算总峰值提升至288.5Tflops,也将HPC平台的TCO降低了20%。
自1999年成立以来,华大基因的业务已经覆盖中国内地、亚太、南北美、欧非四大片区的五十多个国家。随着基因测序技术的发展和测序能力的提升,测序成本正在大幅地下降。在提升计算准确性的基础上,华大基因努力将生物测序的价格做到更低。而持续提升HPC(High Performance Computing)平台的计算能力,是实现这一战略目标的必由之路。
为进一步提升HPC平台的计算能力,华大基因引入了戴尔PowerEdge FX融合架构解决方案,对原有平台进行升级扩容。项目完成后,华大基因HPC平台计算总峰值达到288.5Tflops,总内存容量达到67.22TB,总存储量达到35.09PB,总体水平在行业内遥遥领先。
华大基因采用了戴尔易安信PowerEdge FX和PowerEdge FC630相组合的融合架构解决方案,在FX2(2U)机箱空间中集成了四个FC630物理节点。每一个PowerEdge FC630都配有两个英特尔®至强TME5-2670 v3 处理器和160G DDR4内存,未来可扩充到768GB的内存容量。存储部分包括两个2.5英寸的硬盘驱动器或多达八个1.8英寸固态硬盘,此次由于有更高端的硬盘速度要求,因此部分FC630服务器配备了PowerEdge Express Flash NVMePCIe固态硬盘。此外,华大基因采用了英特尔Lustre系统,该系统性能出众、支持大容量存储、技术成熟可靠性高。
高效的融合架构,使得华大基因的科研计算能力获得持续提升。高效的研究计算能力,也助推华大基因完全自主知识产权、具有国际先进水平的基因测序系统——BGISEQ-500,实现了“一键测序”,进一步来说,就是在24小时内完成从DNA样本到数据分析结果的全过程,个人基因组检测精度达99.99%的超高水平。
在可扩展性方面,PowerEdge FX2不仅可以承载冗余的四端口直通1 GbE或10 GbE I/O模块,配备两个具有更多网络功能的FN I/O Aggregator网络聚合节点,而且其独特的模块化设计为华大基因提供了灵活的服务器、存储和网络不同的搭配组合。FX非凡的灵活配置与扩展能力为华大基因带来的是持续化的发展能力。
这使华大基因高性能计算能力大幅度提高,HPC管理复杂度大大简化,管理能力得以加强,运营效率更加卓越,成本大幅度降低。相较于同等规模的机架式服务器,整体IT拥有成本TCO降低了近20%,使用空间节省30%,能耗降低约40%,网络延迟达到毫秒级别。华大基因HPC系统实现了高效化、生态化发展。
此外,随着华大基因生物科学计算能力的持续提升,其科研工作获得领先地位,论文的平均引用率达到61次/篇,比全国6.51次/篇的引用率高出8.37倍,比全球9.8次/篇的引用率高出5.22倍。
“戴尔易安信融合架构方案使用内部网络,有效避免了使用外部交换设备及进行额外布线的繁琐,PowerEdge FX2主板上的板载LAN网络可为每个半宽计算节点提供四个连接,同时戴尔的FN IO Aggregator在所有节点之间实现了10GB的高速通道以及多个外部10GB连接。”
——华大基因生物计算HPC平台架构师 杨力平
“戴尔易安信为我们提供了一个基于Java的终端仿真应用管理程序,利用该程序,我们可以快速了解各个FX2节点上CMC所管理的服务器的状态,包括CPU资源占用情况,CPU温度、内存消耗量、I/O速度、系统平均功率等。同时,针对启动模块的iDRAC GUI和远程应用程序,我们获得了统一的操作界面,有效提升了我们的管理效率。”
——华大基因生物计算HPC平台高级工程师 李焱
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