
借助HPC,清华大学蛋白质研究技术中心建立了一个面向生物研究的工程研究平台,提升了蛋白质结构解析水平,帮助国际一流的生物研究团队高精度地测定蛋白质分子结构、各类细胞的三维结构,并在此基础上揭示蛋白质及其复合体的功能, 为规模化制备蛋白或抗体提供科学计算层面的支持。 该中心HPC项目引入的戴尔融合架构具有戴尔最先进的ESI (ESI-Extreme Scale Infrastructure)特质,在ESI特质的基础上PowerEdge FX2集合了刀片和多节点机架式服务器的技术优势。使 HPC平台IT复杂度降低了50%,将IT人员从繁琐的IT维护工作中解放出来。
清华大学蛋白质中心需要利用高性能并行 计算手段解决生命科学领域的前沿性问题。通过构建高性能群集HPC平台,承载 和支撑大规模生物学、医学领域的硏究计算任务,充分利用HPC平台海量数据处理 和并行计算能力,为生物大数据的高效处 理和分析提供创新机制,满足生命科学、 生物学、医学和其它交叉科学不断提出的新要來和挑战。
引入戴尔易安信极限规模基础架构(ESI ),获得了世界顶级的4.1TFLOPS/U的计算密度,使HPC平台IT复杂度降低了 50%
清华大学蛋白质中心的HPC项目引入了戴尔融合架构,具有戴尔最先进的ESI (ES卜Extreme Scale Infrastructure)特质,在 ESI 特质的 基础上PowerEdge FX2集合了刀片和多节点机架式服务器的技术优势。首先是计算 密度大,在2U空间内可以支持8个配置双插槽英特尔至强处理器的计算节点,其次 是灵活性好,不仅可以选择FC430而且还 可选用其他多种服务器节点;再次是扩展 性好,支持可拆分的DAS存储节点、多种 网络直通/交换模块;最后是管理性好,提供高效的CMC机箱集中式管理方案。总之,使HPC平台IT复杂度降低了 50%,将 IT人员从繁琐的IT维护工作中解放出来。
清华大学研究团队所采用的冷冻电镜技术在过去两年里取得了革命性的进展,这就要求清华大学蛋白质中心必须全面提升后期的数据处理与计算能力。为此清华大学蛋白质中心与戴尔合作,引入戴尔易安信PowerEdge FX构建HPC平台,将科学计算能力提升4倍有余。
在网络方面,戴尔易安信为HPC平台核心计算网 络提供了具有高吞吐量低延迟特性的 Networking Z9500 40Gbps 交换机,该交换机可提供132个40Gb以太网端□,每 秒吞吐量可以达到10TB,用户可以随着计 算需求的增加而提高网络容量,实现了按需付费。同时戴 尔为I/O和管理网络提供了包括 NetworkingS6000、N3048、2848、 Brocade 6505在内的全套网络方案,有效提升了 HPC的服务品质,计算数据量可以达到TB级别,比 一般平台高出数倍有余,计算效率提升 3-4倍,可以在1天内完成以往4-5天才可 以完成的计算任务。
戴尔易安信PowerEdge FX融合基础架 构体系,为清华大学蛋白质中心提供了传统机架式服务器单独管 理方式和与刀片服务器类似的综合管理方式,前者可以帮助IT人员解决局部性问 题,后者可以帮助IT人员解决全局性问题。
借助带生命周期控制器的集成戴尔远程访 问控制器(iDRAC)和戴尔易安信机箱管理控制器 (CMC)的免代理程序,清华大学蛋白质中 心可以实现快速的系统部署、更新、监视 和维护,大大简化了 IT人员的管理工作, 提升了管理效率。
引入戴尔易安信PowerEdge FX 融合架构计算方案,清华蛋白质技术中心 生物计算平台的灵活性获得了较大程度地 提升。(并非原话,文中摘录)
——清华大学蛋白质中心生物计算平台负责人 杨涛博士
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